در جهان داستان پاموک، مرد مرفه سی ساله ای به نام کمال که در شرف ازدواج با زنی همتای خود است دچار وسوسه‌ی عشقی می‌شود که در نهایت به ساخت موزه‌ی معصومیت می‌انجامد. این داستان مانند سایر داستانهای عشقی،تنها روایت یک داستان عاشقانه نیست. در خلال آن نقد شیوه زندگی طبقه‌ی مرفه جامعه و فاصله‌ی طبقاتی موجود در آن سال‌ها، تاثیر جنگ بر زندگی مردم، باورهای خرافی و مذهبی صورت می‌پذیرد.

پاموک در این داستان به فکر روایت یک داستان رمانتیک نیست. او در خلال این داستان استانبول را شهری در حال گذار از سنت به مدرنیته ترسیم می‌کند که بین آزادی‌های زندگی مدرن و سنتی اش همزیستی دشواری وجود دارد. نویسنده ترک ساخته شده، چیزی شبیه استادیوم فوتبال یا سینما نیست.

یکی از مهم‌ترین مضامین کتاب، باکرگی زن است که آن دوره هنوز بزرگ‌ترین دارایی او به حساب می‌آید. در این موزه می بینیم که گذر از سنتها و رسیدن به مدرنیته چه بر سر جامعه‌ آن زمان ترکیه آورده است. شاید این موزه نمایان کننده زندگی قشر وسیعی از مردمانی باشد که در آن دوران زیسته‌اند.

پاموک همه چیز را در موزه جمع آوری کرده؛ اشیا، مناظر و عکس‌هایی که در رمان تشریح می‌شوند، در موزه به نمایش گذاشته شده‌اند. او  به دنبال خانه‌ای گشته که به فضای خلق شده در داستان شبیه باشد و  بالاخره آن را در محله چوکور جومای استانبول یافته است. یک خانه دو طبقه مربوط به اواخر قرن نوزدهم. محله ای که در دوران عثمانی قلب تپنده‌ی اقتصاد عثمانی بوده است. محلی برای تجارت ثروتمندان خاورمیانه، شمال آفریقا و ترکیه. اما ظاهرا پس از سقوط امپراطوری عثمانی همه چیز در آن تغییر می کند چرا که جمهوری مدرن ترکیه در آغاز بسیار فقیر بوده است.

این خانه‌ی دو طبقه می شود خانه‌ی  زن جوانی که عشق را برای قهرمان قصه معنا می کند. کسی که بعد از عشقبازی با کمال و از دست دادن بکارت  برای حفظ آبرو شوهر می کند. زندگی و عشق این زن در این دوران به کمک اشیایی روایت می‌شود که قهرمان داستان از خانه‌ی او به یغما برده است. پاموک در هر کجا که می توانسته به اشیا مورد نیاز خود بربخورد به دنبال آنها می گشته. در جمعه بازارها و کهنه فروشی ها و خانه ی دوستان و آشنایان. این جدیت در ساخت چنین مکانی تنها نمی‌تواند از سر تفنن باشد.

پاموک به گفته‌ی خود می‌خواهد تاثیر شگرف زمان بر مکان را به مخاطب هدیه کند. این یعنی خیلی چیزها در گذر زمان تغییر می‌کنند و باید مکان و ماوایی برای ثبت آنها وجود داشته باشد. اساسا رسالتی که مجموعه دارانٰ، کلکسیونرها و موزه داران خصوصی بر دوش خود دارند، همین است.

موزه معصومیت پر از چیزهایی است که مدام در حال بر هم زدن مرزهای واقعیت و خیال ما هستند. این اشیا سندی آشکار برای اثبات تعلق خاطر یک عاشق به معشوقند و شاید «آرامگاهی برای عشق از دست رفته»‌اش باشند.