بولگاکف نوشتن این رمان را در سال ۱۹۲۸ آغاز کرد و اولین نسخه خطی آن را دو سال بعد به دست خود آتش زد. دلیل این کار احتمالاً ناامیدی به دلیل شرایط خفقان‌آور آن زمان اتحاد جماهیر شوروی بوده‌است. در سال ۱۹۳۱ بولگاکف دوباره کار بر روی این رمان را آغاز کرد و پیش‌نویس دوم در سال ۱۹۳۵ به پایان رسید. کار بر روی سومین پیش‌نویس نیز در سال ۱۹۳۷ به پایان رسید و بولگاکف با کمک گرفتن از همسرش، به دلیل بیماری، کار بر روی نسخه چهارم پیش‌نویس را تا چهار هفته پیش از مرگش در سال ۱۹۴۰ ادامه داد.

مرشد و مارگاریتا در نهایت در سال ۱۹۴۱ توسط همسر بولگاکف به پایان رسید، اما در زمان استالین اجازه چاپ به این اثر داده نشد و سرانجام ۲۷ سال پس از مرگ بولگاکف بود که نسخهٔ سانسورشده‌ای از کتاب منتشر شد. کتاب در سال ۱۹۶۵ با حذف ۲۵ صفحه و تغییر برخی نام‌ها و مکان‌های ذکر شده در تیراژ محدودی به چاپ رسید که با استقبال شدید مردم مواجه شد. نسخه‌های آن یک‌شبه به فروش رفت و کتاب با قیمتی نزدیک به صد برابر قیمت روی جلد به کالایی در بازار سیاه تبدیل شد.

رمان از سه داستان موازی تشکیل شده‌است که در نهایت یکپارچه می‌شوند: سفر شیطان به مسکو، داستان پونتیوس پیلاطس و به صلیب کشیده شدن مسیح و عشق مرشد و مارگریتا.