لوئیس در دانشگاه یو سی برکلی تحصیل کرد و فوق لیسانسش را در دانشکده زبان‌ها و تمدن‌های خاورنزدیک در دانشگاه شیکاگو انجام داد. لوئیس، سابقاً در دانشکده مطالعات خاورمیانه و آسیای جنوبی دانشگاه Emory، زبان فارسی تدریس می‌کرد. او رئیس پیشین انجمن آمریکایی ایرانشناسی است.

لوئیس از برجسته‌ترین مولوی‌پژوهان غرب است. کتاب محققانه و حجیم او درباره مولانا با نام «مولانا: دیروز تا امروز، شرق تا غرب» که نخستین بار در سال ۲۰۰۰ منتشر شد، تابه‌حال چندین جایزه دریافت کرده‌است. به نوشتهٔ حسن لاهوتی «عموماً در آمریکا کلمن بارکس را به‌عنوان مولوی‌شناس به حساب می‌آورند، اما باید یادآور شد که به‌خاطر تسلط بر زبان فارسی، تحقیقات مولوی‌پژوهی فرانکلین دین لوئیس و ویلیام چیتیک بسیار گسترده‌تر و اصیل‌تر است».